Ya han pasado 50 años, La Reina Medusa y sus leales sirvientes se liberan del sello de la campana de bronce, ahora no está Febo (Hiroshi Shiba) quien es el Vengador. Ahora ya bastante mayor el Dr. Shinjiro Shiba (padre de Febo) con la ayuda de Miwa Uzaki (Mirna) dirigen todas las operaciones de la Build Base. En esta oportunidad cuenta con un joven estudiante de secundaria Kenji Kusanagi, quien es el nuevo vengador (Shin Jeeg) para frenar todos los ataques de la Reina Medusa, a parte este nuevo piloto cuenta con la ayuda de Tsubaki Tamashiro (nieta de Miwa) y Kyo Misumi quienes son los pilotos de la nueva Big Shooter (Super Nave) para enviarles las piezas del cuerpo del nuevo Jeeg.
