Es el año 2059, han pasado ya 47 años desde la primera guerra contra los Zentraedis, en la cual la humanidad estuvo al borde de la extinción. Conscientes del riesgo que implicaba no tener otro hogar en el universo en el cual la humanidad pudiera sobrevivir, se inicia la era de la exploración espacial. Así, a abordo de gigantescas flotas colonizadoras compuestas por enormes naves que contienen ciudades enteras, la raza humana se encaminan en la búsqueda de nuevos mundos que puedan albergar vida humana. Una de estas flotas es la número 25 conocida como Macross Frontier la cual alberga alrededor de unas 10 millones de personas entre humanos y zentraedis, quienes desarrollan sus actividades como en cualquier urbe moderna. A esta nave llega la famosa cantante, Sheryl Nome, y su llegada coincide con el encuentro con una extraña raza alienígena que ataca a la flota, ¿tendrá Sheryl algo que ver con esto?, los otros protagonistas son Saotome Alto, estudiante de vuelo en la academia Mihoshi que huye de su pasado, y Ranka Lee, una joven fan del Hada Galáctica, que trabaja en el restaurante chino Nyan-Nyan y cuyo pasado está envuelto en el misterio.
