Un año después de los acontecimientos de Mai-Otome, un asteroide en curso de colisión con el Reino de Windbloom es destruido-apenas-por un grupo de trabajo internacional de Meister Otome. Posteriormente una nueva y más poderosa clase de esclavos aparece, junto con una siniestra entidad vestidos de negro entidades capaces de dominar fácilmente el más poderoso de Meisters. No sólo esto, sino que Arika y Mashiro ,que tiene una conflictiva relación, está obstaculizando el uso del zafiro de Azure-Sky posiblemente el arma lo suficientemente potente como para derrotar a este nuevo adversario.
