Es el año 0123 del Universal Century, la Federación Terrestre comienza a debilitarse y grupos rebeldes aparecen en la Esfera Terrestre para hacerse con el poder. Crossbone Vanguard es un grupo aristocratico liderado por la familia Ronah, quienes buscan controlar las colonias espaciales, gracias a sus increíbles y sorpresivas tácticas de ataque. Seabook Arno es un inquieto joven estudiante de ingeniería que vive en Frontier IV, una de las colonias espaciales de Side 1. Pero su pacífica vida se ve interrumpida con un ataque de Croosbone Vanguard a su colonia, donde muchos de sus amigos mueren. Pero las cosas no cambian solo para Seabook. Cecily Fairchild, una gran amiga de Seabook, descubre que es heredera de la familia Ronah, comenzando así un largo viaje para ambos jóvenes en busca de su destino. Originalmente concebida como una serie de 26 capítulos, el proyecto fue rechazado por Sunrise, que exigía 50 episodios, por lo que Yoshiyuki Tomino, creador del Universo Gundam, decidio convertirla en una película.
