La historia se sitúa 300 años después de un gran conflicto entre la Tierra y Marte conocido como la “Guerra de la Calamidad”. Una mujer llamada Cordelia viaja hasta la Tierra para hablar sobre la independencia de la ciudad marciana de Chryse, ocupada actualmente por el gobierno terrestre. Escoltándola se encuentra la compañía de seguridad CGS, a la que pertenecen los protagonistas Mikazuki Augus y Orga Itsuka. Cuando un grupo llamado Gjallarhorn ataca a CGS y a Cordellia, Orga lo ve como una oportunidad para rebelarse contra su organización e inicia una revuelta. Para repeler a Gjallarhorn, Mikazuki monta en un viejo mobile suit de la Guerra de la Calamidad que funciona con un reactor nuclear, el Gundam Barbatos. El Barbatos se describe como un mobile suit que roba armas, armaduras y partes de los enemigos para volverse más poderoso.
