En el año 2025, una serie de autómatas conocidos como Kikou aparecen repentinamente y atacan a los seres humanos, arrasando por completo muchas ciudades. La civilización humana está al borde de la desaparición, pero entonces se encuentran en Japón los restos de un Kikou. Con ello se estabklece el Tokyo Kikou Instituto (Toukigen) con la intención de investigar el armamento de los Kikou. Teniendo en mente la idea de "el fuego se combate con fuego", usar a los Kikou contra los Kikou se convierte en la última esperanza de supervivencia de la humanidad. Nueve años después la investigación da frutos con la creación de un nuevo arma, Muttsu. Un joven llamado Rin Sagami y una chica llamada Yuzuru Midou son los escogidos para pilotar a Muttsu. Ambos cargarán con las esperanzas de toda la humanidad y deberán reunir todo su valor para enfrentarse a su misión. Sin embargo, a ambos les espera un cruel destino.
