En el futuro, un fenómeno inexplicable ha ocurrido en una distante isla llamada "La tierra perdida", dando lugar a una nueva especie de humanos. Estos humanos evolucionados, llamados usuarios de Alter, son capaces de manipular materia y reformarla en formas únicas. En esta isla remota, aquellos nacidos dentro de una ciudad amurallada son ciudadanos, mientras que los nacidos fuera viven sin leyes. En un intento de mantener la paz, la fuerza policial HOLD junto al grupo de elite de usuarios de Alter, HOLY, capturan a los peligrosos usuarios de Alter nativos y les ofrecen una opción... unirse a HOLY o ser aprisionados. Después del encuentro del joven usuario de Alter nativo, Kazuma, con HOLY, las dudas crecen: De verdad esta HOLY interesada en el bien común, o hay alguna otra razón detrás de sus acciones
