Después de los acontecimientos de la parte de flashback de Silent Mobius: The Motion Picture 1 sólo una cosa tiene Katsumi Liqueur en su mente "dejar esta terrible ciudad cuanto antes, este lugar donde ella no conoce a nadie y no tiene ningún amigo". Pero ella pronto afronta serios obstáculos a esa intención, como que la "Attacked Mystification Police" insiste en reclutar a Katsumi para su organización. Vagando sin rumbo por las calles de Tokio, cruza su camino con otra joven mujer cuyo destino parece estar entrelazado con el suyo. El pasado misterioso de ambas muchachas parece estar vinculado con el puente de la bahía de Tokyo ... un puente que Katsumi ha visto en sus sueños... Esta secuela de Silent Mobius: The Motion Picture 1 sigue la linea argumental de la parte del flashback de la primera película (contacto inicial de Katsumi con la AMP), usando un poco más ideas y personajes del manga, y es ligeramente menos incompatible a la serie Silent Mobius TV de 1998.
