El protagonista, Neku, despierta en el medio de la ajetreada Intersección de Shibuya sin saber cómo llegó ahí. De hecho, se encuentra en un plano dimensional intermedio conocido como el Underground (UG). Sin saberlo, ha sido forzado a participar en el “Reaper’s Game”, por lo que Neku hace equipo con Shiki, una chica con la que se topa en su camino. Neku deberá entonces pelear para sobrevivir completando misiones que le asignan y derrotando a las criaturas conocidas como “Noise”. Al hacer esto, confrontará el “Reaper’s Game” e irá recobrando sus recuerdos. “La única manera de sobrevivir es confiar en tu compañero”, ¿podrán entonces sobrevivir a esto?
