La historia de Under the Dog se desarrolla en Neo Tokyo en el año 2025, cinco años después de un terrible ataque terrorista durante las Olimpiadas de Tokio. Después de este incidente, las Naciones Unidas forman una unidad especial para atrapar a los responsables del ataque. La trama está protagonizada por Anthea Kallenberg, una chica de ascendencia sueca que pertenece a este cuerpo por sus habilidades en el combate y que deberá enfrentarse a quién es en realidad.
